三道沟地区的景色
接到三使臣的呈文后，清朝廷内有人主张立即捉拿三使臣，也有人主张将其押送回国严惩。但皇帝的态度却较为宽容，当礼部提议下发敕书时，皇帝指出“此非大事，不必特降谕旨，但照所撰敕语，令该部缮本具奏，俟启奏时，止票依议耳。”皇帝考虑事发当初已经下敕书令察议国王，如果再发敕书问罪三使臣，未免使事体变得过于严重。于是，皇帝令礼部奏闻时写上问罪三使臣的内容，他本人只表“依议”，以保大体。
第二年闰4月的清礼部咨文可谓是礼部与皇帝的合作品。首先，列举最近朝鲜的种种“罪状”，如清使到汉城时国王没有遵守郊迎之礼；朝鲜使臣在北京违禁购买野史，并提出辨诬要求；以日本为借口请求军援，后来却没有任何消息；三藩之乱时用浮词探虚实等。其次，列举清朝历代罚银朝鲜国王，以及礼部提议后被皇帝免议的事例，斥责“以从前之姑宽者为例，反谓无可罚之情，何其谬欤？”并斥责“卑职不告其君，而轻弄笔端横开祸始，皆由其国主弱臣强”。最后，礼部提议将郑载嵩等三使臣抓捕并押送朝鲜重处。对此，皇帝谕令“免其严拿，其余依议”。
上述礼部咨文给朝鲜朝廷以巨大冲击。罚银国王早在预料之中，但是，礼部列举朝鲜的种种“罪状”，特别是斥责朝鲜“主弱臣强”，这被认为是对朝鲜君臣的莫大羞辱。国王指出这是丙子乱以来从未有过的污辱。
朝鲜急于寻求善后策，首先，派出以左议政南九万为首的谢恩使，对清朝没有拿问三使臣表示谢恩，并提议将三使臣革职、定配。其次，国王下令迅速制定防止边民越境的条例，即所谓“南北参商沿边犯越禁断事目”，包括禁止南北参商贸易、禁止西北边采参、禁止沿边地区犯越等内容。其中，有关犯越者的处罚，规定西北边犯越者不论采参还是狩猎，也不论是首倡还是随从，一律在境上枭示。为了防止边民潜入废四郡地区采参，在废四郡1000余里地方加设把守100处。还将这次事件的越江处厚州郡，从行政建置中抹掉，将军民人等全部撤出。此事目颁布后，朝鲜实行近二十年的禁参政策，导致包括废四郡在内的西北沿边开发迟缓的严重后果。
最终对犯人及地方官的处罚，虽说比朝鲜最初提议的减轻了许多，但是，施放鸟枪的主犯6人仍被处斩，其他越境者流配边地，国王被罚银二万两，郑载嵩等三使臣降等四级仍可调用。另外，朝鲜四起谢罪、谢恩方物照样发回，充做来年冬至方物，并规定不准再送谢罪方物。
清朝对这起事件的处理，总的来说体现了严中有宽，严宽并用的原则，但其主调仍是严厉的。
